中水系統的水凈化過程也很簡單，一般有三級。一級階段，主要是靠格柵將水中體積較大的雜質與水分離。由于生活中，用水量時高時低，所以需要專備個蓄水池調節水量。水中的污染物90%以上是通過二級處理去除的。主要有生物處理法、物理化學法和膜法。所有的處理方式都不需要專門投入人力、物力。
由于中水處理范圍多為小區和單獨建筑物分散設置類型，在流程選擇上不宜過于復雜，宜按下列要求進行：
1、盡量選用定型成套的綜合處理設備。這樣可以做到簡化設計，布置緊湊、節省占地、使用可靠、減少投資。
2、對于中小型規模的中水處理站，不可能配置較多的運行操作人員。為了便于管理和維護，在處理工藝的選擇上，宜采用既可靠又簡便的流程，以減少運行人員。
3、中水處理設施一般設在人員較為集中的生活區(如居住小區、建筑物內部)，在設置地點的選擇上要考慮臭味、噪聲等對周圍環境的影響。故一般中水處理站多設在地下室、自成獨立的建筑物或采用地埋式處理設備。
4、中水處理工程的投資效益是普遍關注的問題。使用不夠廣泛的主要原因除了節水意識較差以外，主要是初期投資和處理成本較高。因此，原水水源選擇，可以根據回用要求，盡量選擇雜排水或雜排水，以便簡化流程減少一次投資，降低處理成本。另外還要考慮處理后的回用水能夠充分利用以避免無效投資。
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